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中国公学的组织是一种民主的政体。公学的发起人多是革命党人，故学校成立之时，一切组织多含有试行民主政治之意。全校分执行与评议两部，执行部的职员是学生投票互选出来的，有严格的任期，并且对于评议部负责。评议部是由班长和室长组织而成的，要定期的开会，有监督和弹劾职员之权。选举、严格的任期是民主制度区别于专制制度的重要特征，执行部对评议部负责并在评议部监督下行使行政权，则有民主制度下行政权和约束、立法机制分立的雏形。把权力置于监督之下，防止独裁和权力的被滥用，这同样是民主制度的题中应有之义。
评议部开会时往有激烈的辩论，有时到点名熄灯时方才散会，说明大家对执行这个制度是很认真的。
两江总督端方每月拨银1000两，派四品京堂郑孝胥为监督。学校有了官派的监督，民主的政体便发生了障碍，执行部久不改选，评议部也有度止的危险。
两江总督端方，其实是个新派人物。戊戌变法中，朝廷下诏筹办农工商总局，端方被任命为督办。他全身心的投入到新筹办的部门当中，他曾一天连上三折，其工作热情与效率，可见一斑。
升任湖北巡抚不久，随即办起了六十余所新式学堂并派出大批的留学生其子也赴美国留学。
光绪三十年1904年，代任两江总督创建暨南大学。之后，他调任湖南巡抚。半年内便建有小学堂八十多所。据说，端方在调任江苏巡抚时，上任伊始便革除了各州县例送红包给新任巡抚大人的陋习，并用红包的钱选派两名学生出国留学，一时传为美谈。
在历任上述封疆大吏期间，端方鼓励学子出洋留学，被誉为开明人士，“奋发有为，于内政外交尤有心得”。
中国公学简直就是个革命党人的培训学校，能够为这样的学校每月拨银1000两，是很能说明问题的。可惜，这样一个开明之人，最后还是死于革命党人之手，不能不令人惋惜。
胡适写到：“到了申之秋，评议部与职员发生激烈的冲突，结果致绝大多数学生整队退学，自行组织中国新公学，仍继实行民主政治，支持至一年余始解散。这三年多的维形民主国，在中国政治革命上是很可纪念的。＂
1952年12月23日，胡适在中国公学校友会欢迎会上讲话中，又强调了中国公学当年的共和民主的政体在教育上的试验意义，他说：“中国公学和中国教育制度以至民主的政治制度，也有很深切的关系。当时我们母校的教育制度，有着一点独持的作风，这种作风便是民主制度在教育上的试验，当时校内并不设校长，而三位干事共同负责处理校务，成为学校行政机关。另外由全体同学推举班长、室长，实行自治，并且选举评议员，组织评议会，成为学校的立法机关。一切校务虽由干事部负责执行，但必须先经评议会通过，完成立法程序。”
后来当过中国公学副校长的亮功至把这种“学生治校”的制度，和欧洲中世纪大学创始时的制度作了比较，充分肯定了它在中国教育史上的创新意义。
中国公学实行的这种高度民主自治的管理制度，自然受到广大革命热情高涨的同学的欢迎与拥护。但从实际出发，它在中国这块土壤上，显然缺乏充分持久发育的外部条件。
至少有三个方面的原因，使中国公学的“民主共和国”于解体的危机。
一、学校内留日学生逐渐减少部分又回日本复课了，而新招的学生逐渐增加，已不是当初发起创学时学生与管理彼此不分界限的情形。
二、当时上海社会和官方，对这种办学制度的忌疑与不满日益增大，缺少社会尤其教育界人士的理解与同情。
三、学校没有两江总督端方的官费资助便办不下去，而接受了官方的资助，便无法抗拒官方在管理制度上插手学校。
最初创立时不设校长，干事部的干事分任教务、度务、商务，后来推郑孝胥为校长，聘马君武为总教习。马君武赴国外留学后，总教习之职便度止。公学受两江总督的津贴之后，校长改为监督。第一任监督是郑孝胥，第二任为夏敬观，同时成立了郑孝胥、张赛、熊希龄等几十人参加的校董事会，推举张赛为会长。在董事会制与监督制的双重压迫下，学生自治的民主政体开始瓦解。