后来在崇祯十一年的时候，于陕州被左良玉所部官军击溃，败走信阳、光山一带，迫不得已才投降了左良玉，成为其麾下难得的猛将。
在左良玉病亡之后，马进忠是抵制投清意志最坚决的人，他率部脱离左梦庚麾下，重归南明朝廷怀抱，又继续坚持抗击清国铁骑达六年之久，期间更先后在麻河、衡阳、宝庆等地屡次击败清军。
“仗义每从屠狗辈，负心多是读书人！”
历史的真实往往就是这么残酷，就像大明崩溃之际，有多少作为读书人代表的朝廷官吏，委身事奴，行投虏卖国之事，就有多少像马进忠这样的粗鄙武人，为了民族大义死守自己的忠贞，用一腔热血谱写出了中华民族不屈的精神！
……
“哼！”
左良玉的鼻子里发出重重一哼，道：“既然谣言愈来愈盛，我们就更要严禁谣言在营内传播。我身居朝廷的平贼将军之位，就算他李贼欲就抚于朝廷，也是找都丁督师、杨总督他们，断不会给我写书子……”
接着又议了些营中的军务，左良玉便命诸人各自回去忙碌，他又领着随侍在身边的几个亲将登上了中军大营外的一处高丘，向北边贼军营地瞭望。
但见远远近近皆是火光不断，由左营一直延伸至对面贼军大营，更向北延伸出很远很远，仿佛绵延十余里般，从火光上可以看出，贼军的营垒一层挨着一层，有若星罗棋布。
如今看来，官军是再难指望进兵至开封城下，与城中守军相呼应已不再可能啦！
左良玉瞭望了一阵，越发觉得心头沉甸甸的，便又转过身来向南望去，只见南边也是火光遍野，不过如今已到闭营时间，官军各营的火光正在递次熄灭，
但在更远的地方却又有新的火光忽然出现，左良玉见之不由叹息了一声，他知道那里并没有敌我双方的营垒，而是一些贼军游骑在焚烧田间没有收割的麦子。
看到此情此景的他又想起“撤军”之事来，他暗自猜想着：“倘若对贼战事不利，丁、杨势必先自逃了，自己也要预先想好退路……就眼下情势看来，无论是向东南撤退，又或是向西南逃走，都没有十足的把握。”
现在他的心里还有着一个奢望，那就是仍希望明天再去拜见丁、杨二位督臣，争取说服他们即刻准备撤军，而且还要向陈留一带撤退，然后再从仪封方面迂回到开封城下，好与城内守军互为犄角，同心合力，共御闯贼大军。
…………
回到帅帐后，他仍如往日一般，为防着突然有变，不肯解去衣甲，就这么躺下才矇朦胧眬眯上一会，就被当值亲将都司张应祥进来叫醒。
左良玉眯着眼睛问道：“有何紧急事儿？”
张应祥立刻回道：“禀大帅，派往开封的小校回来啦。”