主战派稳居上风后，不止是要严惩西南人物，同时也要整肃北方主和派，并且还明目张胆地要求宽赦帝制犯。
很快，北京政府下令：“据督军曹锟等呈：时事多艰，人才难得，查有梁士诒、周自齐、朱启钤三人，前因政治嫌疑奉令通辑，嗣于上年七月间军事猝起，奔走擘划，多所裨助，拟请略迹原心，复其自由等语。梁士诒、周自齐、朱启钤免予缉究。”
接下来康有为的弟子陈焕章（总统府顾问、孔教会会长）根据这道赦令，呈请为张勋和康有为开脱：“帝制犯可赦，复辟犯亦可赦。人才难得，法律平等。”
这毕竟是建立在“讨逆”成果之上的政府，还是要有所顾忌，于是，北京政府批了“应从缓议”四字。
只是，十二月二十八日，北京政府又有命令：“督军曹锟等呈称：雷震春、张镇芳历居要职，卓著励劳，名刑书，才有可用等语。着即开释，发交曹锟军前效力”。
曹锟、倪嗣冲、段芝贵、张怀芝、张敬尧等人都是洪宪帝制派，其中如段芝贵，本就在西南方面要求惩治的名单上。这些人一直对惩治帝制首恶深恶痛绝、耿耿于怀。
在他们的压力下，北京政府很快又发表命令：“所有民国五年、六年通缉之杨戾、康有为等，均免予缉究。”
此时的冯国璋，已经沦为主战派的橡皮图章，基本成为傀儡总统。
皖系主战派继续加大火力打击直系主和派。冯国璋的替罪羊江苏督军李纯被迫请假不见客，湖北督军王占元自请罢官，江西督军陈光远因受革职留任处分而请辞职。
这一次冯国璋总算有了点主见，深抱不安去电慰勉这几位：“璋与足下，交非恒泛，无论感受何种刺激，绝不容独善以弃国家。”
一月七日内务总长钱能训在国务会议上提议惩戒李纯，全体阁员都同意了，只有王士珍不同意。
后有人折衷建议用国务院名义电斥李纯，王士珍也不同意。
最后由阁员九人联名发电）谴责李纯，王士珍没有列名。
一月八日张作霖发电斥责李纯：“身膺节钺，首倡调和，长彼凶锋，怠我士气，实足贻我北派之羞而为天下所笑。”
李纯对斥责他的电报都有反驳。他有电向王士珍申明，他前此的电报是对南方缓兵之计，是可战可和统筹兼顾，从没有阻挠南方的军事讨伐。他指责九名阁员联名的电报，总理王士珍并未列名，不能算一件公文，只是一个私人攻击。
他说：“断章取义，任意吹求，故入人以亡国殃民之罪，在君主时亦未闻对于疆吏呵斥至于如此。”
他也有电讥讽张作霖：“主战之声高而且烈，然未见一兵南来，欲仗虎威杀尽同胞，削平内战。”
一月六日，曹锟动身南下，在孝感设立南征大本营，又在汉口刘园正式成立了第一路军总司令部。同时把代理第三师师长吴佩孚改“代”为“署”，统率第三师由鄂北开往鄂南。