梁士诒当袁世凯面嘱曾彝进“以个人资格往告国民党人”，袁世凯则摆手制止说“就说是我袁慰亭说的，我当负责任。”
五月二十九日，在袁世凯的支持下，共和、民主及统一三党合并组成进步党，举黎元洪为理事长，实际负责人是汤化龙、梁启超。进步党明确声明拥护袁世凯和“宋教仁案”以法律解决。
各地进步党的都督也紧随其后，为袁世凯张目，连国民党山西、陕西都督亦列名于攻诋黄兴的通电。
在镇压“二次革命”的过程中，袁世凯反复重申尊重国会和约法，这也就使得在北京的国民党议员徒增合法斗争的信心。在“二次革命”中，仅有少数议员决然南下讨袁，大部分仍坐在国会大厅里从容论道。
袁世凯一直安抚议会中的说，这场战争仅仅是要讨伐黄兴、李烈钧等几个叛乱分子，并非要消灭国民党。