电云：“往者滇黔诸省独立自主，祺瑞仰承明令，从事讨伐，方据全胜之势，忽倡调停之说，祺瑞引咎乞休。讵中央方从事调停，而长岳失势，荆襄扰攘。彼时祺瑞专事筹边，不愿再综政权，而大总统亲自敦促，我同袍函电交驰，迫不容己，重负仔肩。受任以来，仍以统一为职志，和平为希望，与大总统同心同德，备挽劫运。荏苒经时，而统一之局尚需时日，将士疲劳于外，人民疾苦于下。
“今值国会告成，组织大总统选举联合会，元首改任之时，即政局重新之会，祺瑞自应及时引退，遂我初服。……所有前敌各军队，希即明修战备，严防煽惑。倘有疏虞，危及国本，则前敌诸将领与任地方之责者。对于国家人民，皆有不可辞之咎也。”
段这通电报是在安福系操纵的国会已经开会，改选总统，合法倒冯的时机已经成熟时发出的。他先表示下野，是以此迫冯国璋实践同时引退的诺言。
但他下台后，不但是新选的总统的后台老板，还保留了参战督办职务。说是下台其实还是在台上，而冯下台可就是真的下台了。
冯段两人的斗争，在安福国会召开后，冯已是彻底失败了。
段系决定不顾一切改选总统，南方的桂系则尽一切努力想延长冯国璋的总统任期。
八月三十一日广州非常国会宣言，将继续召集护法会议，并进行总统的选举。对于所有北京政府缔结的对外条约和公布的法律，一概认为无效。政学系的议员进一步主张即选冯国璋为大总统。
九月二日广州的军政府发表宣言，否认安福国会有选举总统之权，如果选出了总统，西南决不承认。
段祺瑞仍然一意孤行，为怕选举发生意外，召奉军一旅开到南苑。
张作霖借机向北京政府呈请恢复张勋的自由，而康有为又公然到了北京，于是北京内外人心皇皇，以为又要发生第二次复辟。
九月四日，安福国会组织两院选举，到会议员四百三十六人，徐世昌以四百二十五票高票当选为总统。
据说投票前每位议员都领了出席费和一张徐世昌亲笔题名的照片，少数不受控制的议员则以每张票五千元收买，由安福系所办的华通银行付款。
整个大选经费是从日本借款中提出的。议员们在投票后，段内阁分别不同身价聘他们为顾问、咨议，每月送干薪二百元到一千元不等。
九月五日继续选副总统，两院议员到者仅八十八人，因人数不足流会。副总统本有四个人有希望竞选，是冯国璋、段祺瑞、张作霖、曹锟。冯、段已有承诺同时下野，张作霖亦自动放弃，于是只剩下曹锟一人。
交通系主张不要选北洋军人，“以免西南更走极端，俾让徐世昌发动和平”。代言人是旧交通系领袖梁士诒。
北洋部分军人认为梁是广东人，说他是想促成南方人当副总统，梁士诒则说他是希望缓选副座以留待对统一和平有功之人。
梁曾有函致北洋军人申述自己意见书云：“夫主张速选者，本谓选出曹使，则北洋系固结可期。士诒忝厕北洋有年，北洋系之固结，迩年来竭力经营，未尝稍懈。然士诒爱北洋系，而尤爱国家；且爱国家，即所以爱北洋系也。夫主张速选，以固结北洋系者，惟知固结北洋系，而不知因此足令国家分裂。曷言乎足令国家分裂？今日大总统已下令劝和，全国士商，多求罢战，是和平统一已为全国心理所同趋，苟无意外之阻力发生，则和平统一，当可告成。今若速选曹使为副座，则全国士商，不免大起猜疑，将谓中央又复主战，而西南人士，必以为故表对敌之意，是使已熟之和平终于无果。
“此足令国家分裂理由一也。西南对于主座之个人，本是同钦共仰，惟对于主座之选举，犹以违法相攻，今若选曹使为副座则彼等必合个人与选举而并攻之，其终也必至危及主座，若是则政局愈纷，去和平统一愈远矣。此足令国家分裂之理由二也。副座未选之前，则西南犹怀或归己得之望，此望未绝，则和平统一之机尚存。若一旦选出，则此望遂绝，而彼等必自行选举，若是则南北分立之局以成，而和平统一终于无望。此足令国家分裂之理由三也。有此三理由，故士诒主张缓举为有益于时局也。”